Sultan Mahmud Shah II keturunan sultan Melaka ditabalkan menjadi sultan ketika berumur 10 tahun. Urusan pentadbiran dijalankan oleh Bendahara. Pusat pemerintahan berada di Kota Tinggi dan Johor Lama dijadikan istana hinggap. Di sinilah Temenggung menjaga Kota Johor Lama. Sultan Mahmud Shah II dikaitkan dengan kezaliman dan menimbulkan pergolakan dalam negeri. Pada tahun 1697, Bendahara Seri Maharaja Tun Habib Abdul Majid meninggal dunia dan disebut "Marhum Padang Saujana". Pada 1699, Sultan Mahmud Shah II mangkat pada usia 24 tahun, dipercayai ditikam oleh Laksamana Bentan dan disebut sebagai "Marhum Mangkat Di Julang" atau "Marhum Kota Tinggi".